Di bawah doktrin Teori Kiamat Quirk, kelompok ideologi Humarise yakin bahwa semua manusia yang memiliki Quirk adalah penyakit dan harus dibasmi. Untuk membangun kembali dunia, kelompok ekstremis telah membangun perangkat mematikan yang dikenal sebagai “Trigger Bomb” yang menyebabkan orang-orang dengan Quirk kehilangan kendali dan mati. Pemimpin mereka, Flect Turn, menghindari penangkapan dari Pahlawan Profesional yang dikerahkan di seluruh dunia.

Selama magangnya di negara Otheon dengan Pahlawan Profesional nomor satu Jepang, Izuku “Deku” Midoriya dituduh melakukan kejahatan yang tidak dilakukannya. Tanpa sengaja melibatkan Roddy Soul, seorang lokal, Deku segera menemukan dirinya dalam pelarian dengan bocah itu. Sekarang terserah kepada Rody, Deku, dan teman sekelas Deku untuk menghentikan plot Trigger Bomb yang digerakkan oleh Flect, sambil menghindari anggota Humarise yang gigih lainnya.