Sepanjang sejarah, manusia berselisih dengan Beastmen, spesies yang mampu berubah bentuk karena faktor genetik “Beast Factor” mereka. Karena konflik ini, Beastmen terpaksa bersembunyi. Kota Anima berfungsi sebagai tempat yang aman bagi orang-orang yang tertindas ini untuk hidup bebas dari campur tangan manusia.

Selama festival merayakan ulang tahun ke 10 kota itu, Michiru Kagemori, seorang manusia yang tiba-tiba berubah menjadi tanuki, menemukan bahwa Kota Anima jauh dari surga. Setelah menyaksikan ledakan di alun-alun, dia dihadapkan oleh Shirou Ogami, serigala yang tampaknya tidak terkalahkan dan pelindung dari semua Beastmen. Ketika mereka mengejar para dalang di balik pemboman, keduanya menemukan bahwa Michiru bukanlah Beastman biasa, dan mencari untuk menyelidiki masa lalu yang misterius dan kemampuan luar biasa. Akankah dia menjadi mata rantai yang bisa menghubungkan Manusia dan Beastmen kembali?